地図には存在しない村。そんな都市伝説がひっそりと息づく町に住んでいる千尋は、オカルト同好会の会員である志乃と琴音の三人でクリスマスパーティを自宅で開いていた。　最初は普段と変わらない会話を楽しんでいたが、ふとした切欠で見つけた一冊の大学ノートによって、三年前に失踪した千尋と志乃の幼馴染――紫(ゆかり)の話へと変わっていく。　紫が失踪する直前に書いた大学ノート。表紙には『夏休みの自由研究　香草見村』と書かれており、各ページには『地図には存在しない村』の詳細が書かれていた。　千尋達は大学ノートを頼りに紫の行方を追おうと、香草見村へと向かうのだが……。

フォーゲルラント王国で起こる少年と少女の冒険物語。見習い修道士として修道院で働いている少年ティル。ティルの仕事は町へのお遣いと薔薇園のお手入れ。でも、それもうまくいかず失敗ばかり。そんなある日、司教様がティルを呼び出し仕事を頼みます。「明日の朝、王女様がここに来るので薔薇園の案内をしてさしあげなさい」ティルは深く考えずに仕事を引き受けてしまうが……。