『極闘2』で、幻の艦隊〈ネメシス〉機動群との台湾沖航空戦を戦い抜いた日本海軍と自衛隊空母〈ほうしょう〉。　しかし、その前に米最新鋭原子力空母〈ジョージ・ブッシュ〉とその搭載する最新鋭無人戦闘機サラマンダーとゴーストが立ちはだかる。　時空異変の終結まであと数時間。　米原子力空母指揮官は、幻とはいえ、同胞の死を看過しなかった。　米原子力空母の攻撃とともに、日本では捜査が始まっていた。　『ジェネレーター』と呼ばれるペンダント、そしてキーストーンと呼ばれる時空異変を引き起こす装置の謎に、公安部長にまで上り詰めた鈴谷(リサイクルビン)の部下、警視庁公安部のキーマンたちがとりかかる。　そして、空母対空母の戦いは続く。　損害を出しながら〈ほうしょう〉は戦うが、米原子力空母はあまりにも強大だった。　無人機の大編隊との必死の抗戦も、今、力尽きようとしていた。　残された唯一の望みは、都内に設置されたキーストーン装置を破壊し、時空異常を終了させて対立状態を終結することのみ。　日本型JSF・JF-3が絶望的なミッションに飛び立つ。　はたして、日本核焦土化作戦を回避し、この時空事案の解決を日本初の女性総理・牧山佐生はどう解決するのか、