「涼○ハルヒの神判」＆「ど○どき魔女神判」県立北高等学校に通う「北村エイジ」は、ある目的を果たすためにＳＯＳ団への入団を希望する。 入団者、それ以前に来訪者が少ないことに辟易していたハルヒ。だが、団長という立場上、一応は厳しい視線で彼を審査するも…『とあるもの』を手渡されたると、彼の入団をあっさりと許可してしまう。 新たなメンバーを歓迎しつつも、どこか警戒をも抱く団員たち。それは彼らが、涼○ハルヒが巻き起こす様々な事件に巻き込まれ、そして乗り越えてきた、宇宙人・未来人・超能力者（＆凡人）故にだろうか。それでも、新たな団員を迎え、ＳＯＳ団は活気付いていた。 …しかし、その横で一人黙々とＰＣとにらめっこをするのは、他ならぬ涼○ハルヒ。その理由とは、北村エイジが連日ハルヒに渡している『あるもの』だった。その情報とは果たして…？ …そして、その時がやって来た。部室でエイジと二人きりになった彼女に迫る運命。ひとり、またひとりと彼の毒牙にかかってゆく。ＳＯＳ団、そしてそれに近しい彼女たちに次々と手をかけて行く彼の目的とは!? そして、我らが団長、涼○ハルヒの決断は!?